Miquelon, en breton Mikelon, en basque Mikelune et en normand Miquelon, est attesté dans un routier édité à Bordeaux en 1579 et intitulé Les voyages aventureux du capitaine Martin de Hoyarçabal, habitant de Cubiburu , contenant les règles et enseignements nécessaires à la bonne et sûre navigation, né de la plume du capitaine basque du même nom. L'an 1625 voit sur une carte dite Carte de Manson ce toponyme sous la forme Micklon.
Les cartes de navigation et autres portulans de l'époque étant des secrets jalousement protégés - les divulguer entrainant de sévères peines de prison ou plus, il est peu probable que ce toponyme puisse être attribué à Giovanni Caboto, explorateur de ces côtes vers 1497 et connu des francophones sous le nom Jean Cabot ; l'utilisation immédiate de ce toponyme par les pêcheurs bretons ou autres aurait alors été alors impossible.
Faire dériver ce toponyme du portugais Miguel, Michel est aussi hypothèse peu plausible ; les portugais ne semblent pas avoir fréquenté ces lieux de pêches à cette époque.
Une autre hypohèse, la plus plausible, ferait dériver Miquelon du basque Miquele - Michel. Certains éléments confortenet cette hypothèse comme la Carte de Champlain qui signale Miquelon et langalde et spécifie Île aux Basques. Martin Sapian, capitaine basque navigant vers 1697, parle de San Pierre, Fortuna, Miquele Portu et renforce encore cette hypothèse et confirme le texte de Martin de Hoyarçabal.
Une troisième voie, citée pour mémoire, ferait dériver ce toponyme d'une famille Miquelin habitant l'île mais n'arrivant qu'au XVIII° siècle.