C'est au XVII° siècle, lors du recensement effectué par Lev Pochkochin des années 1680-1681, que nous retrouvons trace de la future ville de Kourgan - Курган que, pour éviter d'avoir l'air d'un touriste, vous prononcerez Kourgane ; nous retrouvons alors le signalement du village de Tsarevo Gorodichtche, aussi signalé en Kurganskaya Sloboda, et Tsarevo-Kurganskaya Sloboda, et Tsareva Sloboda.
Le nom de la ville, et aussi celui du raïon environnant, provient de l'impressionnant kourgane, Tsarev Kurgan - un tumulus sarmate, situé à quelques kilomètres de cette ville.