Chaleins nous apparaît sous la forme latine de Chalings dès l'an 984, cartulaire du Lyonnais. Nous le retrouvons en 1182 avec un Chalens noté sur des parchemins concernant les Dombes ; puis un pouillé lyonnais nous dévoile un Chalenz en l'an 1250. Nous verrons d'autres formes dont Ecclesia de Chalengo, Chalein, Chaleyns, Chalenz, Chalains.
Ce toponyme semble dériver du burgonde Calingos - les Calingi, nom dérivé du nom Calo - homme froid, flegmatique...