Poste-frontière nommé Novomariinsk lors de sa fondation en 1889 et en l'honneur de l'impératrice Maria Féodorovna - 1847-1928, épouse d'Alexandre III°, l'ancien toponyme, faisant trop ancien régime, sera renommé Anadyr en 1923 ; Anadyr étant l'hydronyme du fleuve bordant la ville.
Cet hydronyme est mot d'origine yukaghir. Ce peuple, chassé par ses rivaux tchouktches, appelait ce fleuve Onadyr ; les hydronymes étant souvent très stables, celui-ci est resté d'usage. Nous pourrons noter que les tchouktches dénomment Йъаайваам - Яайваам - Yaayvaam - rivière aux mouettes la partie proche de l'estuaire.